Genómica

Técnicas y equipamiento tecnológico disponible:

Las técnicas que se desarrollan son:

SECUENCIACIÓN

ADN por el método de Sanger.

Secuenciación automática de ADN mediante electroforesis capilar y el sistema de terminadores fluorescentes BigDyeTM de Applied Biosystems, obteniéndose lecturas de hasta 1000 bases por reacción a partir de plásmidos, productos de PCR, cósmidos, fagos o BAC.

En este equipo se pueden realizar análisis de fragmentos de ADN marcados con fluorocromos. Permite combinaciones de fluorocromos (6-FAM, HEX, NED, ROX, VIC, PET, LIZ) para el genotipado múltiple.

Next Generation Sequencing (NGS)

La ECAI de Genómica ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing (NGS) utilizando la plataforma Ion-S5 de Thermo Fisher Scientific basada en la tecnología de semiconductores.

Hay disponibles 3 tipos de chips con diferente rendimiento con la intención de dar cabida a las diferentes necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o necesidad del investigador. Longitud de lectura: se pueden elaborar las librería con dos longitudes de lectura según aplicación (reads 200-400pb). Posibilidad de Multiplexar muestras (código de barras en adaptadores), es decir, introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general.

La plataforma de NGS ofrece una amplia gama de aplicaciones, destacando:

• RNA Seq (Estudios de transcriptómica)
• Chip-Seq, MNse-Seq
• De Novo
• Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo (AmpliSeq,etc..) a medida, de cáncer o enfermedades hereditarias entre otras
• Análisis estructurales de DNA (Aneuploidía, CNV, STRs,etc..)
• Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
• Estudios de metagenómica y epigenómica
• Tipificación bacteriana, viral.
• Secuenciación con fines diagnósticos de baterías de genes definidos como marcadores de susceptibildad
• Análisis de farmacogenómica a nivel de genoma completo.

Pirosecuenciación:

Se realizan estudios de metilación desde los diseños de ensayos para la validación de islas de metilación hasta su pirosecuenciación.

GENOTIPADO DE SNPs

En los sistemas de PCR a tiempo real, además de los experimentos de PCR cuantitativa, es posible llevar acabo análisis genotípicos basados en curvas de fusión de alta resolución, discriminación alélica, sondas Taqman, análisis HRM etc.

Equipamiento tecnológico disponible:

Prestaciones en sala Pre-PCR

• Microcentrífugas para pre-PCR
• Congelador -80ºC
• Neveras para reactivos y muestras
• Robot Maxwell (extracción ácidos nucleicos)
• Robot QiaCube (extracción ácidos nucleicos)
• NanoDrop2000
• Espectrofotómetro Qubit
• Fluorímetro cuantificación de ácidos nucleicos (FLx800)
• Campanas de flujo con extracción y UV

Prestaciones en sala Post-PCR

• Microcentrífugas para post-PCR
• Congelador y Neveras
• Termocicladores convencionales (x9)
• Cubetas elecroforesis
• 3130 XL Genetic Analyzers
• LighCycler480II (Roche)
• 7500 de Applied Biosystem
• Stratagene Mx3005P Agilent Technologies
• PyreMark Q96 ID (QIAGEN)
• Ion Torrent (Thermo Fisher) para NGS
• QuantStudio 6 Flex Real-Time PCR System
• QuantStudio 12 Real-Time PCR System

Recursos Humanos:

La ECAI está dotada de tres personas para la consecución de la prestación de los servicios descritos anteriormente:

• Dr. Juan Miguel Gómez Zumaquero (Técnico superior Nicolas Monardes, Coordinador de la ECAI de Genómica).juanm.goez@ibima.eu juanm.goez@ibima.eu
• Lcda en biología Ana María Lago Sampedro (Técnico superior por el Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN), responsable de la Sección de genotipación y secuenciación).< anishhh22@gmail.com anishhh22@gmail.com
• Dra. María Jesús Pinto Medel (Técnico superior _ por el Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN), responsable de la Sección de biomarcadores). mjpmedel@ibima.eu mjpmedel@ibima.eu